Dans Episode 1, Yoda siège au conseil Jedi basé sur Coruscant, cité planète et capitale de la république. Il ne peut s'empêcher de sentir la présence du côté obscur de la force et appréhende avec beaucoup d'inquiétude la dégénérescence de la République.

Yoda avait vu juste, dix ans après, la république est en plein chao face à un mouvement séparatiste mené par un ancien Jedi devenu très puissant, le Compte Dooku. Yoda décide de se rendre sur la planète Kamino, après avoir été informé de l'existence d'une mystérieuse armée de clones qui se développe depuis des années à l'insu du conseil Jedi. Lors de la bataille sur Geonosis, les Jedis menés par Mace Windu sont pris au piège face aux armées droïdes. Le compte Dooku leur propose de s'allier à lui quand Yoda débarque à bord d'une Canonnière de la République avec l'immense armée de clones qu'il a ramené de Kamino.

L'arène de Geonosis se transforme alors en un véritable chantier de guerre et Dooku en profite pour s'échapper avec les plans de l'étoile noire. Il est stoppé d'abord par Anakin et Obi-wan, puis par Yoda qui dégaine pour la première fois son sabre laser vert. Malgré les efforts de Yoda, Dooku utilise une ruse et parvint à s'enfuir à bord de son vaisseau. La guerre des clones ne fait que commencer...

Le Chancelier Palpatine accède au rang d'empereur et entraîne Anakin, devenu Dark Vador, dans le côté obscur de la force. Palpatine envoi ensuite Dark Vador tuer les derniers Jedis restants. Seul Obi-wan et Yoda échappent à ce triste sort et Yoda s'exile vers la planète Dagobah, très éloignée du centre de la République...

Alors que l'Empire règne sur la galaxie, l'ancien maître du Conseil Jedi a trouvé refuge dans une petite grotte au beau milieu de la jungle de Dagobah, la planète brumeuse. Yoda passe ses journées à méditer, enrichissant la vitalité de la Force et approfondissant ainsi sa sagesse. Il vit en paix et en harmonie grâce à la faune qui l'entoure, où il trouve d'ailleurs de nombreuses ressources pour survivre : Les racines de Gnaris cuites représentent, pour Yoda, un plat très consistent. Il utilise aussi son petit bâton de Gimer comme canne pour se déplacer...

Yoda continua la formation de Luke Skywalker, commencée par Ben Kenobi, en lui enseignant tant bien que mal la patience, la concentration et la sagesse, trois qualités essentielles et requises pour devenir Jedi. Il le prémunit contre le côté obscur de la tentation et du mal et lui montra aussi que rien n'est impossible en soulevant le X-wing de Luke hors du marécage où il s'était échoué.

Malheureusement, Luke partit de Dagobah au milieu de sa formation, sans l'approbation de son mentor. Yoda resta donc seul, et bien des mois plus tard, Luke revint sur Dagobah pour découvrir un Yoda mourrant, bien moins en forme que lorsqu'il l'avait rencontré pour la première fois. Yoda transmis à Luke ses derniers conseils et lui appris plus au sujet de sa famille et de sa destiné. Il s'éteignit à l'âge de 900 ans environ, après avoir formé pendant huit siècles des centaines d'apprentis Jedi.

Alors âgée de 17 ans, la jeune Padmé Amidala se voit souveraine d'une petite planète magnifique qui allie nature et civilisations, la planète Naboo. Plus tard elle et son peuple seront meurtris par un blocus imposé par la cupide Fédération du Commerce. Elle sera retenue prisonnière sur sa planète pour signer un traité, mais refusa. Plus tard deux Jedi se rendront sur la planète meurtri, et libèreront la Reine et quelque pilotes pour les mener au Sénat Intergalactique et y défendre leur cause. Les négociations étant trop longues elle décide de retourner sur Naboo et de liberer son peuple aidée des deux Jedi et de la Grande Armée Gungan. La Fédération sera par la suite sévèrement punies est devra lever le blocus.

Padmé deviendra ensuite sénatrice, représentante de Naboo. Alors qu'elle reviendra d'un voyage d'affaire, sous la protection du capitaine Typho et de quelques servantes, elle sera victime d'un attentat, mais par chance elle n'aura aucunes blessures grâce à l'une de ses servantes, qui avait échangé les rôles avec elle. Elle sera alors mise sous la protection d'Obi Wan Kenobi et son padawan Anakin Skywalker, la encore, un attentat sera commis, mais grâce aux deux Jedi elle sera de nouveau seine et sauve. Le Conseil Jedi chargera alors Obi Wan d'enquêter sur ces attentats alors que Padmé sera mise sous la protection d'Anakin, et iront réfugier sur sa planète natale. Pendant leur séjour sur Naboo, Anakin aura de mauvais pressentiments concernant sa mère. Après avoir reçu un message d'Obi Wan, ils partiront le secourir sur Geonosis, mais à leur tour seront fait prisonniers. Une grande bataille s'en suivie et le commanditaire des attentats, le Comte Dooku, s'échappera. Padmé se mariera avec Anakin et aura deux enfants, Luke et Leia, qu'elle mettra au monde avant de mourrir de tristesse, infligé par Anakin alors qu'elle parla à Obi Wan de la mission confié à Anakin par Palpatine. Les jumeaux seront séparés pour les protéger de leur père. Leia sera emmené sur Alderaan sous la tutelle de Bail Organa, alors que Luke sera confié à Owen et Beru Lars sur Tatooine, par Obi Wan.

Obi-Wan Kenobi était le padawan du maître Jedi Qui-Gon Jinn. Kenobi n'a pas était tout de suite le padawan de Qui Gon, il ne commença sa formation qu'à l'age de 13 ans, à la suite d'une attaque alors qu'il était dans un cargo à destination de Bandomeer, dont Qui Gon était également passager. Il fit preuve d'un grand courage et sauva le vaisseau et les passagers avec l'aide du maître Jedi. Arrivé sur la planète, il aida encore celui-ci à déjouer un complot mené par son ancien élève, Xanatos. Alors, le maître Jedi accepta enfin de le prendre comme padawan. Durant les douze années qui suivirent, ils vécurent ensemble de nombreuses aventures, parcourant la galaxie.

A l'age de 25 ans Obi-Wan alors qu'il fût près à devenir Chevalier Jedi, le Conseil Jedi l'envoya sur Naboo accompagné de son maître, pour des négociation avec la Fédération du Commerce qui imposait un blocus à cette planète pour protester contre la taxation des routes commerciales. Après une multitudes d'évènements, comme la libération de la jeune Amidala, souveraine de Naboo, pour plaider sa cause au Sénat galactique, etc... Il due combattre au sabre-laser un Seigneur Sith, du nom de Dark Maul, avec son maître sur Naboo. Dark Maul réussit à tuer Qui Gon, mais fut par la suite vaincu par Obi-Wan. Après avoir célébré la victoire contre la Fédération du Commerce le Conseil approuva la dernière volonté de Qui Gon en acceptant qu' Obi-Wan prenne Anakin Skywalker, un jeune esclave affranchi rencontré sur Tatooïne après que lui et son maître firent échapper la Reine Amidala, de le prendre comme padawan.

Dix années plus tard, Obi-Wan acccompagné de son padawan Anakin retrouvèrent Padmé Amidala, désormais devenue Sénatrice de Naboo. Obi-Wan et son padawan furent chargés de sa sécurité sur l'ordre du Chancelier Suprême Palpatine, après qu'elle eut était victime d'une tentative d'assassinat. Après une poursuite éprouvante les deux Jedi réussirent à capturer l'auteur de cette tentative, une chasseuse de primes du nom de Zam Wessel, mais elle fut tué avant d'avoir révélé le nom de celui qui l'employait. Obi-Wan, grâce à maître Yoda et l'un de ses vieux ami Dexter Jettser, retrouva la trace du commanditaire, un chasseur de primes du nom de Jango Fett résidant sur la planète kamino. Sur cette planète il découvrit que ce chasseur était le modèle de conception d'une armée de clones commandée par un ancien maître Jedi, destinée à la protection de la République. Suite à un affrontement avec le chasseur de primes, Obi-Wan informa Yoda et Mace Windu de la situation avant de partir à la poursuite de Jango Fett. Cette poursuite le mena sur Geonosis, où il découvrit une gigantesque armée de droïdes destinée au mouvement séparatiste du Comte Dooku, un ancien maître Jedi mais néanmoins puissant, aidé par d'autres organisation comme la Fédération du Commerce. Alors qu'il prévenait le Conseil Jedi de sa découverte sur kamino, un droïde de la Fédération le neutralisa. Alors que Obi-Wan allait être exécuté à la suite d'un entretien avec le Comte Dooku, il vit Anakin et Padmé eux aussi capturés par les Geonosiens. Les trois prisonniers réussirent tout de même à se tirer d'affaire. Les deux Jedi et la Sénatrice parvirent à mettre hors d'état de nuire les séparatistes avec l'aide des Jedi, qu'ils soient maîtres ou padawans, aux ordres de Mace Windu et avec l'aide de Yoda à la tête de l'armée de clones. Obi-Wan et son padawan retrouvèrent Dooku et s'engagèrent dans un combat au sabre-laser. Alors que Anakin fut vite neutralisé il reprit ses esprits lorsque son maître, gravement blessé allait être achevé. Bien que Anakin combattait le Comte avec deux sabres-lasers, Anakin fut vite dépassé et perdit le bras droit pendant le combat. Les attaques de Dooku pour achever les deux Jedi furent stoppées par Yoda qui parvint à le faire fuir pour sauver Obi-Wan et son padawan gravement blessés.

A la suite de cette première bataille de la Guerre des Clones, Anakin se maria à Padmé en secret sur Naboo, ce qui créa des différents entre le maître et son padawan. C'est alors que son élèves était manipulé par Palpatine qu'il bascula vers le Coté Obscur de la Force et devint l'infâme Seigneur des Sith Dark Vador. Marqué par son échec, Obi-Wan se retira sur une planète tranquille et désertique du nom de Tatooïne. Il pourrait depuis cet endroit suivre la progression du jeune Luke Skywalker, fils caché d'Anakin devenu Dark Vador, vers la maitrise de la Force.

Alors que Qui-Gon le rencontre sur Tatooine, le jedi est tout de suite persuadé qu'Anakin possède une maîtrise exceptionnelle de la Force pour un non-jedi. Celle-ci se traduit par un taux très élevé de midichloriens dans toutes ses cellules. Il semblerait même qu'Anakin ait été "fabriqué" par la Force.
Lorsqu'il passe devant le Conseil Jedi sur Coruscant, Anakin n'a pas l'autorisation d' être formé car les membres du Conseil ressentent trop de peur en lui, la peur qu'il a de perdre sa mère qu'il a laissé derrière lui.

Mais la dernière volonté de Qui-Gon, alors qu'il périra après un combat au sabre laser contre le Sith Dark Maul, étant qu'Anakin soit formé, le Conseil donne finalement son approbation à sa formation et Anakin devient le padawan d'Obi Wan Kenobi.

Dix ans plus tard, Anakin a grandi et a déjà accompli plusieurs missions avec son mentor. Alors que Padmé Amidala est la cible de plusieurs attentas, Anakin est choisi pour sa protection. Celui-ci, ressentant la souffrance de sa mère grâce à la Force, décide finalement d'aller l'aider sur Tatooine accompagné de Padmé. Il commet alors un acte qui fera basculer sa destinée et ainsi l'avenir de la galaxie : en massacrant une tribu de pillards Tasken, il succombe à la colère et à la haine.
Au cours de son rôle de garde du corps, Anakin se rapproche de plus en plus de Padmé, ce qui engendre entre eux deux un amour qui devient de plus en plus difficile à contrôler. En 22 avant BY, Anakin se marie secrètement à Padmé sur Naboo pour marquer leur amour interdit.

D'après la prophétie, Anakin est celui qui aurai dut ramener l'équilibre en la Force. En effet, Anakin était très doué pour manipuler la Force. Il était capable d'envoyer par dizaines des projectiles sur ses ennemis sans problème. Sa maîtrise parfaite de la Force, lui permettait de combattre avec deux sabres lasers simultanément et d'enchaîner des parades complexes. De cette facilité naît sa fougue de réussir rapidement et d'en finir avec son apprentissage.
Ce qui l'amène à croire qu'Obi Wan le retarde volontairement. De plus en plus de tensions se créèrent entre le padawan et le maître. Durant la grande guerre clonique il mena à bien de nombreuses batailles spaciales. Sur Yavin il combattit en duel au sabre laser la Jedi Noire Assajj Ventress, à la suite d'une course poursuite à travers l'espace, de Geonosis a Yavin. Les deux adversaires se livrèrent à un combat sans merci dans tout la jungle de la planète. Il en viendra finalement à bout, en la désarmant et l'envoyant au fond d'une creuvasse. C'est lors de cette guerre que le sentiment de superiorité du jeune Anakin se fera encore plus présent.